电商商城系统的二次开发需要注意以下问题：

1. 保留原有系统的核心功能和架构：在进行二开时，要确保保留原有系统的核心功能和架构，不要改变系统的基本逻辑和运行流程，避免对系统造成不可逆的影响。

2. 确认需求并进行规划：在进行二开之前，要明确二开的目的和需求，并进行详细的规划和设计，制定详细的开发计划和流程。

3. 采用合适的开发技术和工具：选择适合的开发技术和工具，能够提高开发效率和质量。例如，选择流行的开发框架、工具和数据库等。

4. 注意安全性和稳定性：在进行二开时，要考虑系统的安全性和稳定性，加强数据加密和安全控制措施，确保系统运行的稳定性和安全性。

5. 进行充分的测试和优化：二开完成后，需要进行充分的测试和优化，确保二开后的系统能够满足需求，并具有高性能和可扩展性。

6. 做好后续维护和升级：在二开完成后，需要做好后续的维护和升级工作，及时更新系统的安全补丁和升级功能，保证系统的稳定性和安全性。